Workbench Reseptor
Bangun protokol struktural yang dapat diandalkan oleh kimiawan medisinal untuk prioritisasi senyawa.
Pilih struktur yang relevan secara biologis, evaluasi kesesuaian tugas, siapkan paket reseptor, dan validasi protokol sebelum menggunakannya untuk meranking senyawa.
Validasi konteks struktural sebelum menggunakannya untuk meranking senyawa.
Mengapa Pemilihan Reseptor Bersifat Ilmiah
Struktur PDB beresolusi terbaik belum tentu merupakan reseptor terbaik untuk tugas Anda.
Struktur harus merepresentasikan keadaan konformasi atau aktivasi yang relevan dengan hipotesis proyek.
Identitas ligan yang diketahui, mode binding, dan status kovalen memengaruhi interpretasi kantong pengikatan dan validasi.
Loop, rantai samping, molekul air, kofaktor, atau ion logam yang hilang dapat membuat perhitungan downstream menjadi tidak valid.
Konstruk rekayasa, pemotongan rantai (trunkasi), atau mutasi mungkin tidak merepresentasikan kondisi target biologis yang diinginkan.
Docking mendalam, FEP, analisis selektivitas, dan desain kovalen dapat memerlukan pilihan reseptor yang berbeda.
Protonasi, molekul air, kofaktor, muatan, dan penentuan dimensi kotak (box) harus dapat dilacak dan sesuai kebutuhan tugas.
Workbench Seleksi
Dari seleksi reseptor menuju paket struktur yang dapat dihitung secara langsung
Input Proyek: target/gen, UniProt, penyakit/jalur biologis, ligan yang diketahui.
Tugas downstream dan preferensi reseptor.
Batasan pengguna dan kondisi struktural wajib.
Penelusuran kandidat struktur dan pencocokan target.
Kelengkapan kantong pengikatan dan evaluasi struktur berisiko tinggi.
Paket reseptor yang direkomendasikan dan tingkat kesiapan menyeluruh.
Paket struktur yang dapat dihitung langsung beserta laporan penjelasan.
Strategi Multi-Reseptor
Kelola konformasi, peran, dan kelayakan protokol dalam satu proyek terpadu
Perankingan primer / optimasi lead
Gunakan untuk alur kerja utama perankingan senyawa
Ketahanan konformasional (robustness)
Pertahankan kandidat yang tidak hanya bergantung pada satu keadaan kantong
Komparasi selektivitas atau anggota famili protein
Identifikasi faktor struktural pendorong selektivitas
Evaluasi risiko
Tandai senyawa yang memiliki kompatibilitas struktural yang tidak diinginkan
Alur Kerja Preparasi & Validasi Protokol
Skor yang tampak bagus bukanlah bukti bahwa suatu protokol valid
1Input protein
2Preparasi
3Ligan referensi
4Kantong & kotak (box)
5Re-docking
6Diagnostik RMSD
7Kelayakan
Nama / nama residu / identitas struktur
Jumlah
Jumlah
RMSD berbasis grafik / berbasis templat
Nilai + ambang batas
Non-kovalen / aproksimasi / sadar kovalen
Lolos / Tinjau / Gagal
Penjelasan deskriptif
Jika RMSD tidak dapat dihitung, jangan menggantinya dengan energi docking. Laporkan status kegagalan beserta alasannya.
Paket reseptor yang direkomendasikan
Paket reseptor lengkap dengan tujuan penggunaan, bukti validasi, dan batasan yang diketahui
Paket Reseptor KRAS-G12C
Tujuan Penggunaan: Perankingan primer/optimasi lead
File Hasil Preparasi & Pengaturan
kras_g12c_prepared.pdb
Preparasi: Terprotonasi (pH 7.4)
Kotak Docking & Ligan Referensi
Ukuran Kotak: 18 × 18 × 18 Å
Ref: Inhibitor-G12C (32 atom)
Diagnostik
RMSD: 1.72 Å
Status: Lolos
Kesesuaian Tugas
Batasan & Catatan Tinjauan
Wilayah loop fleksibel pada kantong B memerlukan pemeriksaan penjajaran manual
Riwayat Protokol
Versi: v2.4 (Aktif Saat Ini)
Riwayat: v1.0 Dibatalkan (Ukuran kotak tidak sesuai)
Dari ide molekuler menuju keputusan eksperimental berikutnya
Diskusikan tinjauan proyek terfokus, lingkup uji coba (pilot), atau program optimasi lengkap bersama MedMap.
Evaluasi Protokol Reseptor