为什么受体选择是一项严谨的科学工作
最高分辨率的 PDB 结构并不一定是满足您任务的最佳受体模型。
结构必须真实反映与项目假说高度相关的构象或激活状态。
已知配体确证性、结合模式及是否共价直接影响结合口袋解析与验证。
缺失环区、残基侧链、关键水分子、辅因子或金属离子可能导致下游计算完全失效。
人为引入的工程改造、截短或突变可能无法准确代表生理靶标状态。
高精度对接、FEP、选择性分析与共价设计对受体结构往往有不同要求。
质子化状态、水分子保留、辅因子、电荷分配及网格盒子定义均须严密可溯并切合任务。
受体遴选工作台
从受体遴选到可直接用于计算的高质量结构数据包
项目输入：靶点/基因、UniProt 编号、疾病/通路、已知配体。
明确下游任务需求与受体选择偏好。
设定特定约束条件与必备结构特征。
候选结构检索与靶标精准匹配。
口袋完整性评估与高风险结构排查。
生成推荐受体包并评估整体就绪度。
输出可直接计算的结构包与详尽解析报告。
多受体策略
在同一项目中统一管理多种构象、受体定位与方案适用性
主力排序 / 先导化合物优化
用于核心化合物排名的主工作流
构象耐受性评估
保留不单单依赖单一特定口袋状态的候选物
同家族成员对比与选择性评估
识别驱动靶点选择性的关键结构特征
脱靶毒性与风险评估
标记具有潜在不良结合风险的化合物
结构准备与方案验证工作流
计算得分偏好并不等同于计算方案本身切实可靠
1蛋白输入
2结构准备
3参考配体
4口袋与盒子
5重对接
6RMSD 诊断
7方案适用性
名称 / 残基名 / 结构标识
数量
数量
基于图匹配 / 基于模板的 RMSD
数值 + 阈值
非共价 / 近似 / 共价感知
通过 / 需复核 / 失败
直观明了的文字说明
若无法准确计算 RMSD，绝不能用对接得分替代。应直接报告失败状态及具体原因。
推荐受体数据包
包含明确用途、验证证据与已知局限性的完整受体数据包
KRAS-G12C 受体数据包
预期用途：核心排序 / 先导化合物优化
准备好的文件与设置
kras_g12c_prepared.pdb
准备：已质子化 (pH 7.4)
对接盒子与参考配体
盒子尺寸：18 × 18 × 18 Å
参考：G12C 抑制剂 (32个原子)
诊断指标
RMSD: 1.72 Å
状态：通过 (Pass)
任务适用性
局限性与复核说明
结合口袋 B 附近的柔性环区需要手动比对核验
协议历史
版本：v2.4 (当前启用)
历史：v1.0 作废 (盒子尺寸不匹配)
从分子构想到下一轮实验决策
与 MedMap 探讨定向项目评估、概念验证（Pilot）或全流程药物优化方案。
评估受体计算方案