منصة المستقبلات
بناء بروتوكولات بنيوية موثوقة يعتمد عليها الكيميائيون الطبيون لتحديد أولويات المركبات.
اختيار البنى البروتينية ذات الصلة البيولوجية، وتقييم ملاءمتها للمهمة، وإعداد حزم المستقبلات والتحقق من البروتوكول قبل استخدامه في ترتيب المركبات.
التحقق من السياق البنيوي بدقة قبل اعتماده في فرز وتصنيف المركبات.
لماذا يعد اختيار المستقبل قراراً علمياً دقيقاً
بنية PDB ذات الدقة الأعلى ليست دائماً المستقبل الأنسب لمهمتك البحثية.
يجب أن تعكس البنية الحالة التوافقية أو حالة التنشيط ذات الصلة بفرضية المشروع.
تؤثر هوية الربيطة المعروفة ونمط ارتباطها وحالتها التساهمية في فهم جيب الارتباط والتحقق منه.
غياب الحلقات أو السلاسل الجانبية أو جزيئات الماء أو العوامل المساعدة قد يبطل الحسابات اللاحقة.
قد لا تمثل البنى المعدلة وراثياً أو المبتورة أو الطافرة الحالة الفسيولوجية المستهدفة.
الرسو الدقيق، وحسابات FEP، وتحليل الانتقائية، والتصميم التساهمي قد تتطلب اختيارات مختلفة للمستقبل.
يجب أن تكون البروتنة، والمياه، والشحنات، وتحديد صندوق الرسو قابلة للتتبع ومتناسبة مع المهمة.
منصة انتقاء المستقبلات
من اختيار المستقبل إلى حزمة بنيوية جاهزة للحسابات المباشرة
مدخلات المشروع: الهدف/الجين، ومعرّف UniProt، والمرض/المسار، والربائط المعروفة.
تحديد المهام اللاحقة والتفضيلات الخاصة بالمستقبل.
شروط المستخدم والمعايير البنيوية الضرورية.
استرجاع البنى المرشحة ومطابقتها مع الهدف.
تقييم اكتمال الجيب وحصر التراكيب ذات المخاطر العالية.
إعداد حزمة المستقبلات الموصى بها وجاهزيتها الإجمالية.
حزم بنيوية قابلة للحساب المباشر مرفقة بتقرير تفسيري.
استراتيجية المستقبلات المتعددة
إدارة التوافقات البنيوية والأدوار وأهلية البروتوكول ضمن مشروع موحد
الترتيب الأساسي / تحسين المركب الرائد
يُعتمد لسير العمل الرئيسي لفرز وترتيب المركبات
اختبار المتانة التوافقية
الاحتفاظ بالمرشحات التي لا تعتمد على حالة واحدة للجيب
مقارنة الانتقائية أو أفراد العائلة البروتينية
تحديد المحركات البنيوية المسؤولة عن الانتقائية
تقييم المخاطر الجانبية
وضع إشارة تحذير للمركبات ذات التوافق غير المرغوب
سير عمل إعداد البروتوكول والتحقق منه
النتيجة الحسابية الجيدة لا تعني بالضرورة صحة البروتوكول وموثوقيته
1إدخال البروتين
2الإعداد
3الربيطة المرجعية
4الجيب وصندوق الرسو
5إعادة الرسو
6تشخيص RMSD
7الأهلية والصلاحية
الاسم / اسم الثمالة / هوية البنية
العدد
العدد
مطابقة المخططات / RMSD المستند للقالب
القيمة + الحد المسموح
غير تساهمي / تقريبي / مدرك للتساهمية
ناجح / مراجعة / غير مقبول
شرح توضيحي مباشر
إذا تعذر حساب RMSD، لا تستبدله بطاقة الرسو. بل بيّن حالة الفشل وسببها بوضوح.
حزمة المستقبلات الموصى بها
حزمة متكاملة للمستقبل توضح الاستخدام المستهدف وأدلة التحقق والقيود المعروفة
حزمة مستقبل KRAS-G12C
الاستخدام المستهدف: الترتيب الأساسي / تحسين المركب الرائد
الملفات المُعدة والإعدادات
kras_g12c_prepared.pdb
الإعداد: مُبرتن (pH 7.4)
صندوق الرسو والربيطة المرجعية
حجم الصندوق: 18 × 18 × 18 أنغستروم
المرجع: مثبط G12C (32 ذرة)
المؤشرات التشخيصية
RMSD: 1.72 أنغستروم
الحالة: مقبول (Pass)
الملاءمة للمهمة
القيود وملاحظات المراجعة
مناطق الحلقات المرنة في الجيب B تتطلب فحصاً يدوياً للمحاذاة
سجل تعديلات البروتوكول
الإصدار: v2.4 (النشط حالياً)
السجل: v1.0 أُلغي (عدم تطابق حجم الصندوق)
من الأفكار الجزيئية إلى القرار التجريبي التالي
ناقش مع MedMap مراجعة مشروع مركزة، أو برنامجاً تجريبياً، أو خطة تحسين شاملة.
تقييم بروتوكول المستقبل